Seconde moitié du XVe siècle : l’abbaye de style gothique flamboyant de Madeleine d’Amboise
Madeleine d’Amboise (avant 1461-1500) remodela fondamentalement l’aspect des bâtiments monastiques dans le style architectural flamboyant de la fin du XVe siècle. Née d’une noble et puissante famille, elle était la sœur du cardinal Georges d’Amboise, principal ministre de Louis XII, et de Jacques, évêque de Clermont, abbé de Jumièges et de Cluny. Elle était également une parente de Jean II, duc de Bourbon et beau-frère du roi Louis XI.
Madeleine d’Amboise remit l’abbaye au goût du jour : cloître, stalles, voûtement de la nef, et collatéral sud. Jusqu’à la Révolution, sa pierre tombale en pierre d’Apremont, surchargée d’écussons, portant sa figure en relief et mentionnant ses travaux, se trouvait dans le narthex, lieu où elle fut enterrée. Vers 1497, elle fit aménager le grand parc extérieur et bâtir la basse-cour. Il est fort probable qu’elle se fit également bâtir un hôtel neuf et aménager une galerie à arcade pour se rendre de l’hôtel et des jardins intérieurs à ce vaste parc. Il faut également rattacher à son abbatiat d’autres constructions : la ferme du domaine, la grange aux dîmes et un petit logement (à destination d’accueil ?) dans le bourg. On peut probablement aussi attribuer à cette abbesse le beau parloir (détruit) et certaines des modifications du bâtiment de Lorette.
En somme, ses constructions furent des plus nombreuses, et transformèrent radicalement la physionomie de l’abbaye. Outre qu’elle rebâtit sans doute en grande partie les bâtiments qui entouraient le cloître, elle étendit les constructions abbatiales vers le sud et l’est à des fins d’agrément et de confort.